การบำบัดด้วยเปปไทด์เป็นการใช้เปปไทด์อย่างเฉพาะเจาะจงเพื่อกระตุ้นให้เกิดปฏิกิริยาการรักษาที่เฉพาะเจาะจงในร่างกาย เปปไทด์บางชนิดได้แสดงให้เห็นว่าสามารถช่วยในการลดน้ำหนักได้โดยการกระตุ้นการสลายตัวของไขมันในช่องท้อง พวกมันอาจถูกนำมาใช้เพื่อลดการอักเสบได้เช่นกันเปปไทด์บางชนิดกระตุ้นการผลิตฮอร์โมนการเจริญเติบโตของมนุษย์ และถูกนำไปใช้ในกระบวนการชะลอวัยหรือเพิ่มมวลกล้ามเนื้อ ร่างกายใช้โปรตีนหรือเปปไทด์เหล่านี้เป็นโมเลกุลสัญญาณสำหรับการสื่อสารระหว่างเซลล์ ทำให้ร่างกายสามารถเปิดการทำงานของเซลล์บางอย่างเพื่อกระตุ้นให้เกิดผลลัพธ์เชิงบวกที่ต้องการ.